Hugenomic Nanopolish

Huxelerate Hugenomic Nanopolish 提供 Nanopolish eventalign 模块的所有优势,性能提高了 10 倍。 Huxelerate Hugenomic Nanopolish 能够在 3 小时内分析长度超过 80 万的基因组数据读取(约 102GB)。在加速 FPGA 实现方案的帮助下,它可在保持原始工具精度不变的同时,带来更高的性能以及更快获得结果的时间进程。

供应商: Huxelerate

更新日期: 2021 年 2 月 22 日

大小: 320.05 MB

容器版本: v1.0

免费部署

Xilinx 提供的本产品可免费使用。


您可免费试用以下示例应用。

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部署选项

该应用是容器化的,可以在几分钟内轻松地在云中或本地运行。

云服务
AWS
  • Xilinx 运行时:2019.2
  • 实例类型: f1.2xlarge
  • AMI: FPGA Developer AMI (版本 1.8.1)

开始设计

请按照部署方法进行操作。

AWS

1.

安装和配置 docker

    git clone https://github.com/Xilinx/Xilinx_Base_Runtime.git

sudo Xilinx_Base_Runtime/utilities/docker_install.sh

2.

应用执行

将 cred.json 文件(从步骤 1 中获取)上传到文件夹 /opt/xilinx/cred.json中的 AWS 实例。然后是 chmod 777 cred.json。

执行以下命令

    source Xilinx_Base_Runtime/utilities/xilinx_aws_docker_setup.sh

# download example dataset: on this example we already run minimap2 
# and samtools to prepare the dataset and generated a golden dataset
# sorted for comparison

wget https://huxelerate-public.s3.amazonaws.com/ecoli-nanopolish-accelize-example/ecoli_2kb_region_nanopolish_example.tar

# untar example dataset
tar xzf  ecoli_2kb_region_nanopolish_example.tar

# index the reads
sudo docker run $XILINX_AWS_DOCKER_DEVICES -v /opt/xilinx/cred.json:/usr/share/hugenomic/cred.json -v $PWD/ecoli_2kb_region_nanopolish_example:/ecoli_2kb_region_nanopolish_example hubxilinx/huxelerate_nanopolish_aws_f1 index -d /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/fast5_files/ /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads.fasta

# align the nanopore events to the reference genome
sudo docker run $XILINX_AWS_DOCKER_DEVICES -v /opt/xilinx/cred.json:/usr/share/hugenomic/cred.json -v $PWD/ecoli_2kb_region_nanopolish_example:/ecoli_2kb_region_nanopolish_example hubxilinx/huxelerate_nanopolish_aws_f1 eventalign --reads /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads.fasta --bam /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.sorted.bam --genome /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/ref.fa --scale-events > ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt

3.

结果

    # assess the eventalign output
head ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt

# sort the output for comparison
sort ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt > ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.sorted.txt

# compare the results with the golden output
diff ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.golden.sorted.txt ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.sorted.txt