Huxelerate Hugenomic Nanopolish 提供 Nanopolish eventalign 模块的所有优势，性能提高了 10 倍。 Huxelerate Hugenomic Nanopolish 能够在 3 小时内分析长度超过 80 万的基因组数据读取（约 102GB）。在加速 FPGA 实现方案的帮助下，它可在保持原始工具精度不变的同时，带来更高的性能以及更快获得结果的时间进程。
供应商： Huxelerate
更新日期: 2021 年 2 月 22 日
大小: 320.05 MB
容器版本： v1.0
Xilinx 提供的本产品可免费使用。
您可免费试用以下示例应用。
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该应用是容器化的，可以在几分钟内轻松地在云中或本地运行。
| 云服务 | |
|---|---|
| AWS |
|
请按照部署方法进行操作。
git clone https://github.com/Xilinx/Xilinx_Base_Runtime.git
sudo Xilinx_Base_Runtime/utilities/docker_install.sh
将 cred.json 文件（从步骤 1 中获取）上传到文件夹 /opt/xilinx/cred.json中的 AWS 实例。然后是 chmod 777 cred.json。
执行以下命令：
source Xilinx_Base_Runtime/utilities/xilinx_aws_docker_setup.sh
# download example dataset: on this example we already run minimap2
# and samtools to prepare the dataset and generated a golden dataset
# sorted for comparison
wget https://huxelerate-public.s3.amazonaws.com/ecoli-nanopolish-accelize-example/ecoli_2kb_region_nanopolish_example.tar
# untar example dataset
tar xzf ecoli_2kb_region_nanopolish_example.tar
# index the reads
sudo docker run $XILINX_AWS_DOCKER_DEVICES -v /opt/xilinx/cred.json:/usr/share/hugenomic/cred.json -v $PWD/ecoli_2kb_region_nanopolish_example:/ecoli_2kb_region_nanopolish_example hubxilinx/huxelerate_nanopolish_aws_f1 index -d /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/fast5_files/ /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads.fasta
# align the nanopore events to the reference genome
sudo docker run $XILINX_AWS_DOCKER_DEVICES -v /opt/xilinx/cred.json:/usr/share/hugenomic/cred.json -v $PWD/ecoli_2kb_region_nanopolish_example:/ecoli_2kb_region_nanopolish_example hubxilinx/huxelerate_nanopolish_aws_f1 eventalign --reads /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads.fasta --bam /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.sorted.bam --genome /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/ref.fa --scale-events > ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt
查看 Huxelerate 用户指南。
# assess the eventalign output
head ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt
# sort the output for comparison
sort ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt > ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.sorted.txt
# compare the results with the golden output
diff ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.golden.sorted.txt ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.sorted.txt